Para la coordinación, seguimiento, monitoreo y evaluación de los proyectos, FADCANIC tiene sus oficinas principales en Bluefields, Región Autónoma Atlántico Sur  (RAAS) y Bilwi, Región Autónoma Atlántico Norte (RAAN). En cada de una de estas regiones existentes subsedes: Laguna de Perlas, Cruz de Río Grande, Kukra Hill, El Rama y el Tortuguero en la RAAS; Bonanza, Siuna y Rosita en la RAAN. En Managua, cuenta con una pequeña oficina de enlace que sirve de apoyo a la organización en su gestión nacional e internacional.

Cada sede regional tiene un Director Regional:

Bilwi, R.A.A.N.
Bluefields, R.A.A.S.